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I recenti progressi nella microscopia a forza atomica (AFM) hanno permesso ai ricercatori di ottenere immagini di DNA superavvolto depositati su superfici di mica in ambienti acquosa tamponata. Confinare un DNA superavvolto ad un piano limita notevolmente la sua libertà configurazionale, e, concettualmente, potrebbe modificare alcune proprietà strutturali, come la sua torsione e contorcersi. Un programma che è stato originariamente scritto per eseguire simulazioni Monte Carlo di DNA superavvolto in soluzione è stato modificato per includere un potenziale di superficie. Questo potenziale appiattisce il DNA per simulare l'effetto di deposizione su una superficie. Abbiamo simulato il trasferimento di un 3760-coppia di basi del DNA superavvolto da una soluzione ad una superficie sia 161 e 10 u0026 nbsp; mM forza ionica. In entrambi i casi, le proprietà geometriche e termodinamiche dei DNA superavvolto Ugg Uomo Padova sulla superficie differiscono significativamente dalle corrispondenti quantità in soluzione. A 161 u0026 nbsp; mM forza ionica, il / rapporto torsione contorcersi è 1,20-1,33 volte più grande di DNA sulla superficie che per DNA in soluzione e differenze significative nel raggi di girazione sono anche osservati. Strutture superficiali simulate nel 161 u0026 nbsp; mM forza ionica sono molto simili a quelli osservati da AFM. Strutture superficiali simulate in 10 u0026 nbsp; mM forza ionica sono simili a una Ugg Bassi Costo minoranza delle strutture osservate da AFM, ma si differenziano dalla maggior parte di tali strutture per ragioni sconosciute. Nel 161 u0026 nbsp; mM forza ionica, l'energia interna (escluso il potenziale superficiale) diminuisce sostanzialmente come il DNA si limita alla superficie. Evidentemente, DNA superavvolto in soluzione sono in genere deformati più lontano dalla configurazione minima energia che sono i corrispondenti DNA-superficie limitata. Tuttavia il lavoro (ΔAint) fatto sulle coordinate interne, che includono rotazioni uniformi a configurazione costante durante il trasferimento è positivo e 2,6 volte più grande della diminuzione di energia interna. La corrispondente variazione di entropia è negativa, e il suo contributo ΔAint è positiva e superi la diminuzione dell'energia interna di 3,6 volte. Il lavoro svolto sulle coordinate interne durante il trasferimento soluzione-superficie è diretto principalmente verso riducendo la loro entropia. Evidentemente, il numero di configurazioni disponibili al DNA soluzione più deformata è di gran lunga maggiore che per il DNA superficie confinata meno deformata.
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